Игра начинается с ролика, в котором группа учёных во главе со сталкером куда-то тихо брела. Но вдруг, что-то произошло. Сначала псевдопсы побежали, а потом и произошёл выброс. После ролика вы приходите в сознание, глава группировки Чистое Небо по имени Лебедев сообщил вам, что вы выжили после выброса, его люди нашли вас на болотах. Все вас называют наёмником Шрамом. После разговора идите к бармену, он немного расскажет о группировке, а потом идите в штаб к Лебедеву. В ходе разговора он попросит вас о помощи — получите снаряжение у торговца Суслова и идите на форпост помогать отбиваться от мутантов.
